Van Baarsel nasceu em 15 de novembro de 1761 em Utrecht. Seu pai era Cornelis van Baarsel Sr., um dono da mercearia de Utrecht. Ainda jovem, Van Baarsel mudou-se com sua família para Amsterdã, onde seu pai abriu uma mercearia. Lá, o jovem Cornelis também se formou como merceeiro, mas se sentia deslocado e não sabia usar sua criatividade. Para encontrar sua verdadeira vocação, Van Baarsel teve vários empregos diferentes. Ele trabalhou em uma loja de roupas e em uma farmácia. Porém, por estar sempre desenhando e não prestando atenção na loja, Van Baarsel foi demitido por seus dois empregadores. Ele então passou vários anos no mar antes de se dedicar inteiramente ao desenho.

Após o tempo de Van Baarsel no mar, ele voltou para Amsterdã e se casou com sua namorada de infância, Dorothea Veelwaard. Em 1791 eles tiveram um filho, Willem Cornelis van Baarsel. Sua esposa Dorothea era parente do conhecido gravador Daniel Veelwaard. A família dela reconheceu seu talento e incentivou-o a treinar novamente como gravador. Então, em 1789, ele começou a trabalhar como gravador independente e se especializou principalmente na gravação de mapas. Seu estúdio provavelmente estava localizado no Haarlemmerdijk.

Sob o reinado do rei Lodewijk, Van Baarsel foi nomeado primeiro gravador no Depósito Geral da Guerra em Amsterdã e depois em Haia. Após a partida do rei Lodewijk por volta de 1810, Van Baarsel partiu para Paris para trabalhar como gravador no depósito de guerra de lá. Em 1815 ele retornou a Amsterdã para trabalhar como gravador para particulares.

Van Baarsel treinou seu filho Willem Cornelis van Baarsel como gravador e, a partir de 1817, o trabalho do estúdio de Van Baarsel recebeu a assinatura 'C. van Baarsel & Son.' Após a morte de seu pai em 1826, Willem Cornelis continuou seu estúdio sob o nome de W. C. Van Baarsel. Além de seu filho, Van Baarsel também trabalhou regularmente com Cornelis Covens e filhos, e PN Tuyn.