Jan Heyse nacque a Zierikzee nel 1882. Suo padre, Johan Hermann Christian Heyse, era un ex pastore luterano e membro dell'esecutivo provinciale della Zelanda. Nel 1892 la famiglia si trasferì in una grande casa sulla Lange Delft a Middelburg. Heyse iniziò a disegnare in tenera età e dal 1899 studiò alla Rijksacademie di Amsterdam, dove tra i suoi compagni di classe c'era anche Jan Sluijters. Nel 1904 ritornò dai suoi genitori, che ora vivevano nella casa "Het Witte Hardt" sul Rouaansekaai.

Durante una mostra di Primitivi Fiamminghi e Arte Antica tenutasi a Bruges nel 1902, Heyse trovò probabilmente la sua strada artistica. Ispirato da Hans Memling (1430-1494), iniziò a dipingere Madonne, ma in costumi zelandesi. Queste Madonne esprimono l'amore materno più che un'interpretazione religiosa. Il suo lavoro è caratterizzato dalla ricerca della purezza e della semplicità, che conferiscono ai suoi dipinti un aspetto quasi mistico.

Dopo la morte del padre nel 1913, Heyse ereditò abbastanza denaro per vivere modestamente e dedicarsi interamente alla pittura. Nello stesso anno sposò Miesje Visser di Middelburg e la coppia si stabilì a Veere, nella casa "De Kolve" sul Markt. Heyse veniva descritto come una persona riservata e sensibile, che si teneva lontano dal mondo artistico di Veere e Domburg.

L'opera di Heyse comprende figure raffinate, paesaggi e scene di villaggio che irradiano pura bellezza. La sua opera sembra rientrare nel simbolismo, soprattutto per il modo in cui riesce a dare un contenuto religioso alla vita quotidiana in Zelanda.

Oltre ai dipinti, Heyse realizzò anche numerose opere grafiche e illustrazioni. Il suo stile di disegno raffinato, sobrio e spesso decorativo gli valse l'invito a realizzare illustrazioni per, tra gli altri, lo Zeeuws Prentenboek e l'Hollandsch Liederboek.

Jan Heyse morì nel 1954 a Veere. Le sue opere sono ancora oggi apprezzate e occasionalmente vengono messe all'asta.